共同研究・競争的資金等の研究課題

• 2024年10月 - 2029年03月, 研究代表者, 超硫黄分子を考慮したレドックス制御から生理機能を理解する, 公益財団法人 武田科学振興財団, ライフサイエンス研究助成
• 国際共同研究加速基金(海外連携研究), 2023年09月08日 - 2027年03月31日, 23KK0127, 環状化硫黄S8による超硫黄分子シグナル伝達の制御機構, 清水 隆之, 日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 東京大学, 20800000, 16000000, 4800000, kaken

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• 2025年04月 - 2027年03月, 研究代表者, 超硫⻩分⼦によるレドックス代謝制御, 公益財団法人東レ科学振興会, 東レ科学技術研究助成
• 2025年04月 - 2026年03月, 研究代表者, 植物の葉緑体形成を制御する超硫黄分子シグナル伝達機構の解明, 公益財団法人ノバルティス科学振興財団, ノバルティス研究奨励金
• 2025年04月 - 2026年03月, 研究代表者, 光合成細菌の超硫黄分子代謝を利用した生物脱硫装置の開発, 岩谷直治記念財団, 岩谷科学技術研究助成
• 2023年10月 - 2026年03月, JPMJAX232C, 研究代表者, 超硫黄分子で切り拓くレドックスシグナルの新展開, 清水隆之, 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）, ACT-X, 奈良女子大学
• 学術変革領域研究(A), 2021年09月 - 2026年03月, 21H05271, 研究分担者, 硫化水素によるシグナル伝達, 増田 真二、清水 隆之, 日本学術振興会, 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(A), 東京工業大学, 81120000, 62400000, 18720000, kaken

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• 2024年10月 - 2025年03月, プロテインキナーゼCK2が関与する超硫黄分子に応答した植物生理制御システムの分子基盤, 東京農業大学 生物資源ゲノム解析センター, 「生物資源ゲノム解析拠点」共同研究
• 2023年04月 - 2025年03月, 研究代表者, 活性硫黄シグナルを考慮した新たなレドックスシグナル伝達概念の構築, 清水隆之, 公益財団法人 発酵研究所, 若手研究助成
• 2024年01月 - 2025年01月, 研究代表者, 超硫黄分子シグナルで開拓する新規レドックス応答機構, 公益財団法人千里ライフサイエンス振興財団, 岸本基金研究助成
• 2023年12月 - 2024年11月, 研究代表者, 超硫黄分子を利用した「おいしい」作物の効率的な栽培技術の開発基盤, 公益財団法人 ホクト生物科学振興財団, 研究奨励金
• 2023年10月 - 2024年03月, 超硫黄分子による光形態形成の制御機構, 東京農業大学 生物資源ゲノム解析センター, 「生物資源ゲノム解析拠点」共同研究
• 若手研究, 2021年04月01日 - 2023年03月31日, 21K15038, タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤, 清水 隆之, 日本学術振興会, 科学研究費助成事業 若手研究, 東京大学, 4680000, 3600000, 1080000, 本研究では、申請者が光合成細菌から新規に同定した活性イオウ分子種（Reactive sulfur species; RSS）応答性転写因子SqrRのRSS応答機構および本細菌のRSS代謝系の解析を通じ、RSSシグナル伝達の分子機構を理解することを目指している。
  本研究は、これまでに申請者が明らかにしたSqrRのRSS応答機構を踏まえて、1）細胞内のSqrRに対するRSSによる安定な修飾の種類の解明、および、2）SqrRの修飾に関わるRSSの代謝経路の決定を行うことで、RSSによるシグナル伝達の分子機構の詳細解明を試みている。SqrRはRSSによって2つの保存されたシステイン残基の間で分子内テトラスルフィド結合が形成され、標的遺伝子のオペレーター領域へのDNA結合親和性が低下することがわかっている。この修飾について、細胞内のメジャーなRSSであるグルタチオンパースルフィド（GSSH）とシステインパースルフィド（CysSSH）に着目して、in vitroおよびin vivoでの解析を行った。
  既にCysSSHによって安定的な修飾を受けることが示唆されていたが、SqrRのDNA結合親和性についてもCysSSHによる影響を強く受けることがわかった。また、SqrRの修飾に関わるRSS代謝系に関して、RSS産生酵素SQRが産生するCysSSHが、SqrRの修飾に寄与するRSSの主要合成経路であることが示唆されていたが、SQRがin vitroでもCysSSH合成活性を持つことを示した。, kaken

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• 基盤研究(A), 2018年04月01日 - 2023年03月31日, 18H03941, 光合成生物に広く保存された栄養欠乏時の脂質転換制御とその応用の分子基盤, 太田 啓之; 増田 建; 西村 浩二; 小林 康一; 堀 孝一; 粟井 光一郎; 下嶋 美恵; 清水 隆之, 日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(A), 東京工業大学, 43810000, 33700000, 10110000, 生物に必須の栄養元素の欠乏時には種々の応答が起こることが広く知られている。栄養元素の欠乏時には、トランスポーターの活性化などによる細胞外からの栄養元素の取り込みの促進や、栄養元素の細胞内でのリサイクルの活性化など、様々な応答機構が機能する。申請者らは植物の３大栄養元素の一つであるリンの欠乏時に起こる膜リン脂質からのリンの供給と糖脂質による代替を「リン欠乏時の膜脂質転換」と名付け、それに関わる脂質代謝遺伝子群やその重要性を明らかにしてきた。植物や藻類のリン欠乏時には、油脂が大量に蓄積することも見出し、光合成生物での油脂高生産系としても着目されている。また、その膜脂質転換に関わる酵素群や制御機構が光合成生物の進化過程で広く保存されていることも明らかにした。申請者は最近、その制御の根幹に関わると考えられる制御因子を初めて同定することに成功した。本研究では、この制御因子の機能と保存性の解明を柱としてリン欠乏時の脂質転換の仕組みの分子基盤を明らかにし、その応用展開の基盤確立を目的として研究を進めている。
  平成30年度は特に、クラミドモナスで見出した脂質転換の制御因子についてその因子が直接ターゲットとしている遺伝子の同定、また本因子と共同して機能している他のクラミドモナス因子の同定を行った。, kaken

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• 2022年11月 - 2023年03月, 「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）支援課題採択, 文部科学省 （科学研究費助成事業 新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』）
• 2021年11月 - 2022年11月, 研究代表者, 超硫黄分子による生理活性調節のためのシグナル伝達機構の分子基盤, 清水隆之, 公益財団法人 住友財団, 基礎科学研究助成
• 2021年10月 - 2022年09月, 水圏に生息する細菌における遺伝子拡散システムの分子基盤の解明（継続）, 清水 隆之, 公益財団法人 クリタ水・環境科学振興財団, 国内研究助成
• 2021年04月 - 2022年03月, 研究分担者, 自然プロセスを応用した生物・化学的水処理方法の開発を通じた持続可能な水質汚染問題の解決の検討, 甘蔗 寂樹、Aziz Muhammad、成田 大樹、Isabelle Giraudou、清水 隆之, 公益財団法人 国際科学技術財団, 日本国際賞平成記念研究助成
• 2020年10月 - 2021年09月, 水圏に生息する細菌における遺伝子拡散システムの分子基盤の解明, 清水 隆之, 公益財団法人 クリタ水・環境科学振興財団, 国内研究助成
• 若手研究, 2018年04月01日 - 2021年03月31日, 18K14650, 生体機能を制御する活性イオウ分子種のシグナル伝達機構, 清水 隆之, 日本学術振興会, 科学研究費助成事業 若手研究, 東京大学, 4160000, 3200000, 960000, 本研究では、申請者が光合成細菌から新規に同定した活性イオウ分子種（Reactive sulfur species; RSS）応答性転写因子SqrRのRSS応答機構および本細菌のRSS代謝系の解析を通じ、RSSシグナル伝達の分子機構を理解することを目指している。
  本研究は、これまでに申請者が明らかにしたSqrRのRSS応答機構を踏まえて、1）細胞内のSqrRに対するRSSによる安定な修飾の種類の解明、および、2）SqrRの修飾に関わるRSSの代謝経路の決定を行うことで、RSSによるシグナル伝達の分子機構の詳細解明を試みている。SqrRはRSSによって2つの保存されたシステイン残基の間で分子内テトラスルフィド結合が形成され、標的遺伝子のオペレーター領域へのDNA結合親和性が低下することがわかっている。この修飾について、細胞内のメジャーなRSSであるグルタチオンパースルフィド（GSSH）とシステインパースルフィド（CysSSH）に着目して、in vitroおよびin vivoでの解析を行ったところ、CysSSHによって安定的な修飾を受けることが示唆された。また、SqrRの修飾に関わるRSS代謝系に関して、メジャーな硫化水素酸化酵素であるSQRに着目して解析を行った。sqr遺伝子の欠損がSqrRによる遺伝子制御をおよぼすことがわかり、SQRによって産生されたRSSによってSqrRの活性が制御されている可能性が示唆された。さらに、sqr遺伝子欠損の影響はCysSSHの添加によって改善されることがわかった。以上より、現段階では、SqrRに対する主要な制御系は、SQRによって産生されるCysSSHによるパースルフィド化であることが考えられる。, kaken

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• 2019年04月 - 2021年03月, 研究代表者, 細菌性ウイルス様粒子GTAによる硫化水素に応答した新規環境適応戦略, 清水 隆之, 公益財団法人 発酵研究所, 一般研究助成, 0, 0, 0, 競争的資金
• 2018年04月 - 2019年03月, 研究代表者, 新規生理活性物質である活性イオウ分子種（RSS）によるシグナル伝達の分子機構, 清水 隆之, 日本科学協会, 笹川科学研究助成, 0, 0, 0, 競争的資金
• 2016年04月 - 2017年03月, 研究代表者, 生体機能を制御する新物質硫化水素の細胞内ｼｸﾞﾅﾙ伝達の分子機構, 清水 隆之, 日本科学協会, 笹川科学研究助成, 0, 0, 0, 競争的資金